Majlis Agensi Kelayakan Malaysia yang ditubuhkan di bawah Akta Agensi Kelayakan Malaysia 2007 (Akta 679) mempunyai fungsi berikut:

1. meluluskan rancangan dan dasar bagi pengurusan Agensi;
2. meluluskan apa-apa pindaan atau pengemaskinian Kerangka Kelayakan Malaysia;
3. meluluskan dasar dan garis panduan yang berhubungan dengan akreditasi program, kelayakan atau pemberi pendidikan tinggi atau audit institusi;
4. meluluskan sebarang perkara yang berhubungan dengan fungsi, kuasa, kewajipan, saraan, elaun, honorarium, faedah dan tatakelakuan pegawai, pekerja, ejen dan pakar perunding Agensi;
5. menerima dan mengawasi laporan, penyata, pernyataan dan sebarang maklumat lain yang berhubungan dengan akreditasi, audit institusi dan penilaian;dan
6. melakukan semua perkara yang semunasabahnya perlu bagi pelaksanaan fungsinya di bawah Akta Agensi Kelayakan Malaysia 2007.