Majlis Agensi Kelayakan Malaysia yang ditubuhkan di bawah Akta Agensi Kelayakan Malaysia 2007 (Akta 679) mempunyai fungsi berikut:
- meluluskan rancangan dan dasar bagi pengurusan Agensi;
- meluluskan apa-apa pindaan atau pengemaskinian Kerangka Kelayakan Malaysia;
- meluluskan dasar dan garis panduan yang berhubungan dengan akreditasi program, kelayakan atau pemberi pendidikan tinggi atau audit institusi;
- meluluskan sebarang perkara yang berhubungan dengan fungsi, kuasa, kewajipan, saraan, elaun, honorarium, faedah dan tatakelakuan pegawai, pekerja, ejen dan pakar perunding Agensi;
- menerima dan mengawasi laporan, penyata, pernyataan dan sebarang maklumat lain yang berhubungan dengan akreditasi, audit institusi dan penilaian;dan
- melakukan semua perkara yang semunasabahnya perlu bagi pelaksanaan fungsinya di bawah Akta Agensi Kelayakan Malaysia 2007.